از سال ۱۳۸۳ تا سال ۱۳۹۸، رشته مهندسی فناوری اطلاعات در قالب یک گروه آموزشی، در کنار دیگر گروه های آموزشی موجود در مهندسی کامپیوتر، ذیل "دانشکده مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات" در دانشگاه صنعتی امیرکبیر، فعالیت داشت. اما به جهت نیاز به انعطاف و تحرک بیشتر در توسعه محتوا و اجرای رشته و نیز نیاز به ارتقاء کیفیت آموزش و پژوهش دوره در مقاطع مختلف تحصیلی، با تصمیم مدیریت دانشگاه در سال ۱۳۹۸، گروه آموزشی "مستقل بین رشته ای مهندسی فناوری اطلاعات"، با مشارکت دانشکده های مهندسی کامپیوتر، ریاضی و علوم کامپیوتر، مهندسی برق، مهندسی صنایع و مدیریت علم و فناوری، تشکیل گردید. با این تغییر ساختار، ضمن ایجاد قدرت مدیریت و تصمیم گیری مستقل برای گروه آموزشی مهندسی فناوری اطلاعات، توان و ظرفیت و امکانات حداقل (۵) دانشکده در دسترس گروه قرار گرفته و سرعت ارتقاء کمی و کیفی پذیرش دانشجو در مقاطع مختلف را به میزان زیادی افزایش داد.
از این رو گروه مهندسی فناوری اطلاعات دانشگاه صنعتی امیرکبیر را می توان بلحاظ ظرفیت های مختلف، بخصوص بلحاظ تنوع تخصص اساتید و بدنبال آن در دسترس بودن امکانات آزمایشگاهی و محاسباتی، جزو برترین گروه آموزشی در دانشگاه و همچنین در کشور دانست.
گروه بین رشته ای مهندسی فناوری اطلاعات دانشگاه صنعتی امیرکبیر، بلحاظ اداری و سازمانی، گروهی متشکل و حاصل از مشارکت اعضاء هیات علمی پنج دانشکده، شامل مهندسی کامپیوتر، مهندسی برق، ریاضی و علوم کامپیوتر، مهندسی صنایع و مدیریت علم و فناوری است. علیرغم این، گروه بین رشته ای مهندسی فناوری اطلاعات دانشگاه صنعتی امیرکبیر، گروهی مستقل از دانشکده های تشکیل دهنده آن بوده و کلیه تصمیمات آن، اعم از مدیریتی، آموزشی، پژوهشی و سایر موارد، در شورای گروه اخذ شده و زیر نظر مستقیم معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه است.
گروه بین رشته ای مهندسی فناوری اطلاعات دانشگاه صنعتی امیرکبیر، در حال حاضر، توسط دانشکده مدیریت علم و فناوری دانشگاه، از لحاظ اداری و مکانی میزبانی شده و در آن مستقر است.